Η συνεργασία του Γυμναστικού Συλλόγου Απόλλων Σμύρνης με την ΠΑΕ σε επίπεδο ποδοσφαιρικών ακαδημιών είναι άριστη. Μεταξύ των δύο πλευρών υπάρχει συνεχής επικοινωνία με στόχο την τροφοδότηση των τμημάτων υποδομών της ΠΑΕ με ταλέντα του ερασιτέχνη.
Αυτό φάνηκε και από το γεγονός πως στην ομάδα Κ17 (Κάτω των 17 ετών) της ΠΑΕ Απόλλων Σμύρνης, που μετέχει στο αντίστοιχο πρωτάθλημα της Superleague, προωθήθηκαν στις αρχές της σεζόν 11 ποδοσφαιριστές του Γυμναστικού Συλλόγου.
Συγκεκριμένα οι Αλέξανδρος Φλώρος (2002), Νίκος Πετράς (2001), Στάθης Κουρεμάδας (2001), Κώστας Γκουτσούλας (2001), Βασίλης Κοφίνης (2001), Φίλιππος Πελέκης (2001), Μιχάλης Φαρκαδώνας (2001), Μάριος Σερβές (2001), Ηλίας Καψάλης (2001), Κώστας Τσούκας (2002) και Αλέξανδρος Θωμάς (2001) διάβηκαν το… μονοπάτι Γυμναστικός Σύλλογος – ΠΑΕ, κατόπιν σχετικού αιτήματος της τελευταίας.
